En 2029, après leur échec pour éliminer Sarah Connor, les robots de Skynet programment un nouveau Terminator, le T-1000, pour retourner dans le passé et éliminer son fils John Connor, futur leader de la résistance humaine. Ce dernier programme un autre cyborg, le T-800, et l'envoie également en 1995, pour le protéger. Une seule question déterminera le sort de l'humanité : laquelle des deux machines trouvera John la première ?